2005-2016

Under 2005-2015 var protonterapin i full drift med ett konstant flöde av patienter. De körde  främst dagtid och hade viss omställningstid mellan patienter. Denna omställningstid samt övrig tid kvällar och nätter användes för fysikexperiment samt kommersiella kommersiella neutron- och protonbestrålningsprojekt.

Under 2005 kördes de sista fysikexperimenten vid CELSIUS-ringen varefter denna stängdes av och avvecklades.  

I juni 2015 flyttade protonterapin till en ny anläggning i Uppsala, SKANDION-kliniken. TSL:s nya huvudaktivitet blev att leverera strålar till kommersiella neutron- och protonbestrålningsprojekt.

I juni 2016 slutade alla bestrålningsprojekt och accelerations- och bestrålningsanläggningarna stängdes av. Avveckling av delar av anläggningen pågår. Till exempel är  Radiokemilaboratoriet på god väg genom avvecklingen.