1977-2005

Under 1977 till 1986 stängdes Gustaf Werner cyklotron ner för rekonstruktion. Synkrocyklotronen byggdes om till en sektorsfokuserad synkrocyklotron. Oket och polerna var fortfarande desamma men resten av maskinen ersattes med nya detaljer. När cyklotronen startades igen efter ombyggnad 1986 kunde man köra den både i både CW och FM-läge och producera olika strålar med energier upp till 180 MeV.

Intensiva diskussioner om typen och storleken på acceleratorer som svensk forskning inom kärn- och högenergifysik skulle ha till sitt förfogande ägde rum i början av 1980-talet. Ett resultat av denna process var att man tog ett beslut att frakta magneterna från den så kallade ICE-ringen (Initial Cooling Experiment) vid CERN till Uppsala. Denna acceleratorring byggdes om till en kylnings- och lagringsring och gavs akronymen CELSIUS (Cooling with ELectrons and Storing of Ions from the Uppsala Synchrocyclotron).

Från 1994 till 2004 var The Svedberg-laboratoriet en nationell forskningsanläggning finansierad till en stor del från Naturvetenskapliga forskningsrådet. Det var öppet för forskargrupper från universitet och institut i Sverige och utomlands. Laboratoriet hade en nationellt rekryterad styrelse och en internationell programrådgivande kommitté som gav rekommendationer om forskningsprogrammet genom att granska förslag från användargrupperna. Uppsala universitet fungerade som laboratoriets värd.

I juli 2004 omvandlades TSL från ett nationellt laboratorium till en universitetsanläggning och nya instruktioner för laboratoriet kom i drift. TSL:s huvudsakliga verksamhet grundades nu på en överenskommelse mellan Uppsala akademiska sjukhus och Uppsala universitet om fortsatt protonbehandling. Den stråltid som inte användes för protonbehandling användes för kommersiella neutron- och protonbestrålningsprojekt. Det fanns fortfarande tid för grundforskning (akademisk) och i detta fall borde experimenten vara kopplade till Uppsala universitet eller till EU-projekt.